Test génomique détecte presque toutes les infections

Des chercheurs de l’Université de Californie à San Francisco (UCSF) ont développé un test génomique innovant capable de détecter rapidement presque tous les pathogènes chez un patient. Cette avancée permet des diagnostics plus rapides, un traitement ciblé plus rapide et pourrait réduire les coûts de la santé.

Le test utilise une technique de séquençage génomique appelée Séquençage Métagénomique de Nouvelle Génération (mNGS). Plutôt que de s’appuyer sur les symptômes pour deviner la cause d’une maladie et tester des pathogènes spécifiques, le mNGS analyse un échantillon pour une large gamme de pathogènes potentiels en une seule fois et croise les résultats avec une base de données complète. Cela permet d’identifier les virus, bactéries, champignons ou parasites responsables de la maladie.

Efficacité prouvée dans les infections neurologiques

Pendant sept ans, les chercheurs de l’UCSF dirigés par le professeur Charles Chiu ont testé 4 828 échantillons de patients en utilisant la méthode clinique mNGS. Ces échantillons comprenaient du liquide céphalorachidien (LCR), le liquide entourant le cerveau et la moelle épinière. Dans leur étude publiée dans Nature Medicine, l’équipe a rapporté que le test mNGS identifiait avec précision 86 % des infections neurologiques.

Chiu, qui développe cette méthode de test depuis près de dix ans, a également cofondé Delve Bio, une entreprise qui fabrique des kits de test mNGS, traite les échantillons et fournit les résultats en 48 heures.

Ce test est particulièrement précieux pour diagnostiquer les affections neurologiques et les infections du système nerveux central, telles que la méningite, qui peuvent être causées par des pathogènes rares et entraîner une détérioration rapide de l’état du patient.

Diagnostic et traitement plus rapides pour les affections graves

Le mNGS permet aux médecins de diagnostiquer et de commencer le traitement de ces affections critiques en quelques jours, plutôt qu’en semaines, réduisant ainsi la nécessité de séjours prolongés à l’hôpital et de traitements inutiles.

Le processus mNGS commence par l’extraction de l’ADN et de l’ARN du patient à partir d’un échantillon de LCR. Ces séquences génétiques sont ensuite analysées à travers un pipeline computationnel qui traite des millions de séquences par minute, à la recherche des signatures génétiques des pathogènes potentiels. Delve Bio, en partenariat avec UCSF, utilise une base de données de plus de 68 000 pathogènes pour aider à l’identification.

Le mNGS peut détecter les virus respiratoires à potentiel pandémique

Bien que le mNGS ait démontré son efficacité pour diagnostiquer les infections du système nerveux central à l’aide du LCR, il est également capable de détecter des virus respiratoires à potentiel pandémique, tels que le SARS-CoV-2 et la grippe. Cela pourrait s’avérer inestimable pour identifier les premiers signes de crises sanitaires émergentes.

De plus, les chercheurs ont affiné la technique mNGS pour utiliser des fluides respiratoires et automatisé une grande partie du processus, ce qui a réduit le temps d’analyse de 2-7 jours à seulement 12-24 heures. Ainsi, l’efficacité de la méthode a été considérablement augmentée. Cette méthode peut même détecter de nouvelles souches de virus, même en petites quantités dans un échantillon.

Chiu et son équipe travaillent à l’expansion du test mNGS pour analyser le plasma et d’autres fluides corporels. Actuellement, les tests mNGS pour le LCR et les fluides respiratoires ont reçu la désignation de dispositif innovant de la FDA, avec la possibilité d’une révision dans les mois à venir.

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Lisez l’article original sur : New Atlas

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